Poderá solicitar o cancelamento do CT-e, se o mesmo tenha decorrido período máximo de 7 (sete) dias.
Não tenha sido emitida Carta de Correção Eletrônica – CC-e relativa ao CT-e que se pretenda cancelar.
Após autorizar o MDFe, é entendido que o transporte já foi iniciado, visto que o CTe e MDFe encontram-se autorizados.
Após a vinculação de CTe no MDFe, o prazo de cancelamento é de 24hrs.

Passou o prazo para cancelamento, e agora como resolver??

Prestação de Serviço em Desacordo:

O evento de Prestação de Serviço em Desacordo é uma funcionalidade exclusiva do tomador de serviço (pagador do frete).
Tal ação deve ser realizada se o CT-e emitido estiver com informações indevidas ou conflitantes entre o serviço realizado e o descrito no documento. Para que os dados possam ser corrigidos e o documento substituído as seguintes etapas devem ser seguidas:

1. O tomador de serviço deve realizar o evento de Prestação de Serviço em Desacordo com justificativa válida;
2. O transportador  terá que emitir um CT-e de anulação por CT-e emitido com erro;
3. O transportador deverá emitir CT-e substituto referenciando o CT-e anulado.

O Prazo para registrar este evento é de 45 dias a partir da data da autorização do CT-e original. A regularização através do CT-e substituto e CT-e de anulação deve se estender por no máximo 60 dias da autorização.